Родился святой в городе Трапезунде, в нынешней Турции, на самой границе с Грузией.
Он рано потерял родителей и воспитывался доброй инокиней (по некоторым данным, родной тетей). Монашеская жизнь наложила свой отпечаток: мальчик рано пристрастился к чтению богословской литературы, любил размышлять о духовных истинах, часто молился и держал пост.
В юности Авраамий (имя святого в миру) оказался в Константинополе. Там он познакомился с игуменом Киминского монастыря, отцом Михаилом. Авраамий пользовался каждой минутой, чтобы вести беседы с игуменом, слушать его наставления и следовать его поучениям. Своего наставника навещал и духовный сын отца Михаила, известный византийский военачальник Никифор Фока. Молодые люди подружились и часто проводили время в беседах.
Через некоторое время отец Михаил вернулся в монастырь. Авраамий остался в Константинополе, но вскоре отправился в монастырь, где попросил отца Михаила постричь его в монахи. При посвящении ему дали имя Афанасий.
Монашеская жизнь была по душе Афанасию. Он много молился, ел только ячменный хлеб и воду, спал на стуле. При этом любил переписывать книги, много читал, но не избегал физического труда.
Через 2 года, игумен счел, что Афанасий достаточно возрос в вере, чтобы стать отшельником. Место для подвига было выбрано в самой необитаемой, пустынной части горы Афон. Там святой провел год и каждый день испытывал желание оставить это место. В последний день года, он молился, прося Господа указать ему путь. Во время молитвы произошло чудесное явление: вся местность будто умылась солнечным светом, краски стали ярке, воздух прозрачнее. Пелена спала с глаз Афанасия, он убедился, что место, которое ему так не нравилось, на самом деле прекрасно.
В это время, его друг, Никифор Фока делал быструю карьеру. Он воевал с сарацинами на Крите. Афонские старцы решили поддержать православных воинов, несколько монахов отправились в войска. Среди них был и Афанасий.
Друзья встретились и Никифор рассказал о своей мечте: устроить на Афоне монастырь по типу Лавры. Он просил друга быть его представителем на горе.
Вскоре, Никифор Фока был провозглашен императором. От выделил огромные средства на обустройство нового монастыря.
Однако, не все этим были довольны. Богатство и жизнь на Афоне плохо сочетались. Слишком много паломником, которые привыкли к роскоши, а не к аскезе, слишком много золота.
Начался ропот. В это время Никифор погиб и престол занял его брат. Противники Афанасия надеялись, что он закроет Лавру., но тот полностью поддержал игумена, Лавра осталась.
Святой предчувствовал свою кончину, предупредил братию. Но все думали, что он умрет в своей постели или во время молитвы. Однако, получилось по другому. Вместе с другими монахами и несколькими строителями, святой Афанасий поднялся на кровлю строящегося собора. Она обрушилась. Когда разобрали завалы, все, кто попал под них уже отошли к Господу.
В ожидании погребения, тело игумена не изменилось. Более того, от полотенец, которыми обтерли с него кровь многие иноки получили исцеление.
Мощи святого и сейчас покоятся в Лавре, куда стремятся попасть паломники со всего мира.