История храма связана с военными полками, располагающимися сначала в окрестностях, а потом в самом Архангельске. Для служебного состава было возведено 2 деревянные церкви: Святой Троицы и Богоявления.
К концу Северной войны, строения пришли в негодность и было решено построить каменную церковь. В 1745 году была освящена нижняя церковь, но потом, строительство приостановилось и верхний храм освятили только в 1756 году.
В 1810 году, храм из полкового стал епархиальным, однако большинство прихожан по прежнему составляли военные и члены их семей. Многие годы в храме хранили воинские реликвии: знамена, штандарты, боевые значки.
В 30-е годы церковь закрыли. Помещение использовали под общежитие, мыловаренный завод, обувную фабрику.
В середине прошлого века был разрушен верхний ярус колокольни, а со здания церкви сняли главку и барабан.
Возрождение храма началось в 1992 году., после передачи его РПЦ. С 1994 года стали проводится молебны, а в 1995 состоялась первая литургия.

В церкви хранятся частицы мощей:
● Святителя Афанасия
● Матроны Московской
● Кирилла Радонежского и Марии радонежской
● Великомученицы Варвары
● Алексея Мечева

В храме неоднократно регистрировали случаи истечения елея и благоухания от икон.
В ноябре 2004 года, во время всенощной, через открытые царские врата молящиеся ясно видели лик Христа на ризе престола. Это изображение повторяло лик Иисуса на Туринской плащанице. Существует фотография, подтверждающая слова очевидцев.

Благотворительный Фонд Святая Земля
Храмы и Монастыри России